Alur cerita semakin menarik dengan munculnya Gundam merah misterius yang dikejar oleh pasukan angkasa dan polisi. Gundam ini dikemudikan oleh Shuji, seorang anak laki-laki yang menjadi bagian penting dari cerita. Interaksi antara Amate dan Shuji membawa dinamika yang unik dan menegangkan ke dalam seri ini.
GQuuuuuuX berlatar di kalender Universal Century alternatif, dimulai dari peristiwa krusial di mana Char Aznable berhasil mencuri Gundam sebelum Amuro Ray dapat menerbangkannya. Kejadian ini menyebabkan Perang Satu Tahun berlangsung secara drastis berbeda dan berakhir dengan kemenangan Zeon. Garis waktu alternatif ini memberikan pandangan baru tentang sejarah Gundam dan menambah intrik dalam cerita.
Episode ke-8 dari serial ini dijadwalkan untuk mengungkapkan secara detail peristiwa penting yang disebut Insiden Zeknova. Insiden ini menjadi titik balik utama dalam perubahan garis waktu. Insiden Zeknova melibatkan upaya Federasi Bumi yang hampir putus asa untuk menghancurkan pangkalan asteroid Solomon ke kota bulan Granada yang dikuasai Zeon. Char memimpin tim untuk menghancurkan Solomon, tetapi dalam prosesnya, ia dan Gundam menghilang dalam ledakan cahaya yang dahsyat.
