Menurut Imam An-Nawawi, qunut shubuh sunah muakkadah, meninggalkannya tidak membatalkan shalat, tetapi dianjurkan sujud sahwi, baik ditinggalkan sengaja atau tidak.
Menurut pengikut Imam Malik (Malikiyyah) doa qunut shalat Shubuh hukumnya sunnah tetapi disyaratkan pelan saja (sirr). Begitu juga menurut Syafi’iyyah hukumnya sunnah ab’adl (kalau lupa tertinggal disunatkan sujud sahwi) dilakukan pada raka’at yang kedua shalat Shubuh.
Sebab Rasulullah SAW ketika mengangkat kepala dari ruku’ (i’tidal) pada rakaat kedua shalat Shubuh beliau membaca qunut. Dan demikian itu “Rasulullah SAW lakukan sampai ampai meninggal dunia (wafat)”. (HR. Ahmad dan Abd Raziq)
Doa qunut shubuh adalah sebagai berikut:
اَللّهُمَّ اهْدِنِىْ فِيْمَنْ هَدَيْتَ وَعَافِنِى فِيْمَنْ عَافَيْتَ وَتَوَلَّنِىْ فِيْمَنْ تَوَلَّيْتَ وَبَارِكْ لِىْ فِيْمَا اَعْطَيْتَ وَقِنِيْ شَرَّمَا قَضَيْتَ فَاِ نَّكَ تَقْضِىْ وَلاَ يُقْضَى عَلَيْكَ وَاِ نَّهُ لاَ يَذِلُّ مَنْ وَالَيْتَ وَلاَ يَعِزُّ مَنْ عَادَيْتَ تَبَارَكْتَ رَبَّنَا وَتَعَالَيْتَ فَلَكَ الْحَمْدُ عَلَى مَا قَضَيْتَ وَاَسْتَغْفِرُكَ وَاَتُوْبُ اِلَيْكَ وَصَلَّى اللهُ عَلَى سَيِّدَنَا مُحَمَّدٍ النَّبِيِّ اْلاُمِّيِّ وَعَلَى آلِهِ وَصَحْبِهِ وَسَلَّمَ
“Allahummah dini fi man hadait, wa ‘afini fiman ‘afait, wa tawallani fi man tawallait, wa barik li fi ma a’thait, wa qini syarra ma qadhait, fa innaka taqdhi wa la yuqdha ‘alaik, wa innahu la yazillu man wa lait, wa la ya’izzu man ‘adait, tabarakta rabbana wa ta’alait, fa lakal hamdu a’la ma qadhait, wa astagfiruka wa atubu ilaik, wa shallallahu ‘ala sayyidina muhammadin nabiyyil ummiyyi wa ‘ala alihi wa shahbihi wa sallam”