Selain untuk memuja Allah, doa nabi Yunus juga pernyataan sebuah pengakuan khilaf dan permintaan maaf kepada Allah SWT sang pencipta. Nabi Yunus, dengan memohon ampunan atas semua kesalahan dan dosa-dosa yang pernah diperbuat dengan berharap ampunan dan ridho Allah SWT. Ia memohon agar Allah mau memaafkan perbuatan tercela dan tidak taat yang ia lakukan. Dengan membaca doa ini, kita berharap mendapatkan ampunan dari Allah.
Hidup di dunia ini tidak akan terlepas dari cobaan, musibah dan ujian. Seperti janji Allah, Allah tidak akan membiarkan seorang umat berada dalam keadaan berdiam diri.
Kapasitas manusia ada batasnya. Kita tidak akan mampu melewati berbagai macam cobaan tanpa bantuan Allah. Hanya Allah yang bisa melepaskan kita dari semua itu. Dengan doa nabi Yunus, kita berharap supaya Allah memberikan kemampuan untuk bisa mengatasi semua kondisi yang terjadi dalam hidup.
Doa nabi Yunus bisa menjadi sumber kekuatan bagi kita ketika menghadapi kesulitan hidup. Allah mengatakan dalam Al Quran, ia tak akan menguji hambaNya melampaui keterbatasannya.