Fruktosa membentuk hampir 90% dari komposisi sirup agave dan dalam jumlah berlebih, ini dapat menyebabkan beberapa komplikasi kesehatan. Beberapa penelitian menyatakan bahwa kelebihan konsumsi fruktosa dapat mempengaruhi metabolisme, dan meningkatkan risiko diabetes dan penyakit kardiovaskular.
Studi lain juga menunjukkan bahwa konsumsi fruktosa yang berkepanjangan dapat meningkatkan kadar kolesterol LDL, yang terkait dengan peningkatan risiko penyakit jantung.
Kesimpulannya adalah untuk mengonsumsi sirup agave dalam jumlah terbatas dan tidak berlebihan, meskipun lebih baik dari gula rafinasi.