Sementara itu, Habib Luthfi bin Yahya menikah dengan Syarifah Salma binti Hasyim. Dari pernikahan itu lahir dua orang anak laki-laki dan tiga perempuan, yaitu Syarif Muhammad Bahauddin, Syarifah Zaenab, Syarifah Fathimah, Syarifah Ummi Hanik, dan Syarif Husain.
Baca juga: Syarifah Najwa Shihab Akan Menikah dengan Irfan Alaydrus​