Tubuh kita menghasilkan sejumlah besar amonia karena memetabolisme protein dalam spirulina, yang diubah menjadi urea. Hal ini memberikan tekanan berlebihan pada ginjal untuk mengeluarkan sejumlah besar urea dari darah, yang pada akhirnya mengakibatkan penurunan efisiensi ginjal dan bahkan gagal ginjal.
Spirulina dikemas dengan vitamin, protein dan mineral. Orang dengan fungsi ginjal yang terganggu tidak akan mampu mengeluarkan komponen yang tidak perlu dari aliran darah mereka.
Salah satu mineral yang paling banyak ditemukan di spirulina adalah yodium. Sementara di satu sisi, baik untuk mengambil yodium melalui spirulina, di sisi lain, itu dapat mempengaruhi kelenjar tiroid dan paratiroid. Efeknya lebih terasa pada orang dengan hiperparatiroidisme.
Mengkonsumsi spirulina dapat menyebabkan perut kembung, menyebabkan kram perut, mual dan anafilaksis – terutama pada orang yang baru pertama kali mengonsumsinya. Varietas spirulina yang dipenuhi dengan kontaminan, seperti microcystins (toksin yang dihasilkan oleh ganggang biru-hijau), juga menimbulkan penyakit lambung yang serius seperti dehidrasi akut dan gangguan pencernaan.