Seperti yang telah disebutkan di atas, Perang Dipenogor dipicu oleh kedatangan Marsekal Herman Willem Daendels ke tanah Jawa, tepatnya di Batavia pada tahun 1808. Ia dikirim sebagai utusan Perancis yang akan mempersiapkan Jawa sebagai basis pertahanan Perancis melawan Inggris.
Tapi, cara Daendels memerintah dianggap melanggar tata krama dan tidak berbudaya sehingga menimbulkan kemarahan dari keraton. Daendels bahkan meminta penduduk Jawa untuk membangun jalur transportasi dari Anyer sampai Panarukan. Daendels juga memungut pajak yang tinggi kepada para petani.
Selain itu, rencana pembangunan jalan yang melewati makam leluhur kediaman nenek Pangeran Dipenogoro membuatnya murka dan memutuskan untuk berperang dengan Belanda. Pasak-pasak penanda yang telah dipasang oleh para pekerja diganti dengan tombak sebagai pernyataan perang.
Perang tersebut dimulai sejak 20 Juli 1825. Untuk menghadapi Belanda, Pangeran Dipenogoro mengungsikan keluarganya dan bergerak secara gerilya. Terbukti, Belanda gagal menangkap Pangeran Dipenogoro di Tegalrejo walaupun kediamannya tersebut dibakar.
Pangeran Dipenogoro kemudian bergerak ke arah Selatan dan membuat basis militer di Goa Selarong yang terletak lima kilometer arah Kota Bantul. Ketika itu, rakyat turut berjuang bersama melawan Belanda.
Aksi heroik tersebut terus mendapatkan simpati dari kalangan bangsawan lainnya seperti Kyai Mojo, Kerta Pengalasan, dan Sentot Prawirodirdjo. Strategi gerilya yang digunakan olehnya berhasil mengecoh Belanda yang membuatnya sangat sulit untuk ditangkap.