Tahun 1827 Belanda kembali melancarkan serangan dengan sistem Benteng yang membuat pasukan Dipenogoro semakin terjepit. Satu per satu pemimpin perang mulai ditangkap Belanda, yaitu, Sentot Prawirodirjo, Kyai Mojo, dan Pangeran Mangkubumi.
Kemudian, Jenderal De Kock yang diperintahkan Belanda berhasil untuk menekan Pangeran Dipenogoro beserta pasukannya di Magelang. Di sinilah Pangeran Dipenogoro ditangkap dan menyerahkan diri ke pasukan Belanda.
Setelah ditangkap, Pangeran Dipenogoro beserta keluarganya kemudian dibawa menggunakan kapal Pollux ke Manado. Setelah di Mando, ia kemudian ditawan di Benteng Amsterdam dan selanjutnya dipindahkan ke Makassar.
Penangkapan tersebut menjadi akhir dari perlawanan kaum bangsawan Jawa yang menewaskan banyak orang. Sampai Akhirnya, 8 Januari 1855 pada usia 69 tahun, Pangeran Dipenogoro meningeal dunia dan dimakamkan di Makassar.