Kopi tanpa kafein dapat meningkatkan kadar kolesterol jahat (kolesterol LDL). Efek ini tidak diamati pada varian berkafein. Kopi tanpa kafein ditemukan meningkatkan lemak darah spesifik yang terkait dengan sindrom metabolik.
Dalam penelitian lain, beralih dari kopi berkafein ke kopi tanpa kafein tidak menurunkan risiko serangan jantung. Meskipun kopi tanpa kafein dengan sendirinya mungkin tidak berbahaya, bahan kimia yang digunakan dalam proses dekafeinasi bisa berbahaya. Metilen klorida, salah satu pelarut yang digunakan untuk menghilangkan kafein, dapat bersifat karsinogenik.
Konsumsi kopi tanpa kafein dikaitkan dengan peningkatan risiko rheumatoid arthritis. Anehnya, kopi berkafein tidak menimbulkan risiko ini. Penyebab mendasar di balik ini bisa jadi adalah persiapan dan pemrosesan kopi tanpa kafein. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengkonfirmasi spekulasi ini.
Kopi tanpa kafein ditemukan meningkatkan konsentrasi serum gastrin. Gastrin adalah hormon yang memicu pelepasan asam lambung. Ketika ini terjadi secara berlebihan, itu dapat menyebabkan gejala keasaman. Namun, kopi biasa ditemukan menyebabkan refluks gastroesofageal yang lebih jelas. Efek ini dikurangi ketika kopi dihilangkan kafeinnya.