Air jeruk nipis mengandung sulfit yang dapat menyebabkan reaksi dan alergi pada beberapa orang. Gejalanya antara lain kulit gatal, gatal-gatal, ruam, kram perut, mual, batuk, dan lainnya.
Meskipun air jeruk nipis membantu mengobati batu ginjal dan baik untuk kesehatan ginjal, orang yang menderita penyakit ginjal sebaiknya tidak mengkonsumsi air jeruk nipis karena dapat menyebabkan kerusakan ginjal.
Buah jeruk umumnya mengandung kadar kalium yang tinggi. Ini mungkin buruk bagi mereka yang menderita penyakit ginjal. Ginjal yang sakit tidak akan mampu menjaga keseimbangan elektrolit. Hal ini menyebabkan kadar kalium, natrium, dan fosfor yang tidak normal.