Biji popcorn dapat menyebabkan obstruksi usus besar dengan membentuk phytobezoar. Bezoar lambung menyebabkan sakit perut, refluks asam, dan distensi. Di usus kecil, mereka dapat menyebabkan sembelit, mual, muntah, sakit perut, distensi, diare, kehilangan nafsu makan, dan penurunan berat badan.
Popcorn microwave rasa mentega mengandung diacetyl, yang dapat menyebabkan kondisi yang disebut popcorn lung (bronchiolitis obliterans). Sesak napas dan mengi adalah gejala paru-paru popcorn. Diacetyl juga berbahaya bila terhirup dalam jumlah besar. Namun, ini adalah efek samping popcorn yang sangat jarang terjadi.
Orang yang alergi jagung harus menghindari makan popcorn. Cari bantuan medis segera jika Anda mengalami gejala seperti mulut bengkak atau kesulitan bernapas. Orang dengan penyakit radang usus juga harus menghindari popcorn karena dapat menyebabkan iritasi usus. Namun, tidak ada cukup penelitian dalam hal ini.