Biji rami dapat menyebabkan efek samping pada beberapa orang. Kelebihan konsumsi biji ini dapat menyebabkan beberapa efek samping, seperti mual, sembelit, kembung, dan nyeri di perut.
Karena biji rami dapat menurunkan kadar gula darah, individu yang sudah menjalani pengobatan diabetes mungkin mengalami kadar gula darah yang sangat rendah, jika mereka mengonsumsi biji rami secara berlebihan.
Biji rami membantu menurunkan tekanan darah. Namun, jika dikonsumsi bersamaan dengan obat untuk mengobati tekanan darah tinggi, bijinya dapat menyebabkan hipotensi (tekanan darah terlalu rendah). Oleh karena itu, orang yang menggunakan obat tekanan darah harus berhati-hati.