Sebuah studi menemukan jejak kontaminasi logam berat dan mikroba dalam fillet ikan patin beku yang diekspor ke Polandia, Ukraina, dan Jerman. Ditemukan bakteri Vibrio pada 70-80% fillet. Juga ditemukan Staphylococci pada 30% ikan swai yang diimpor ke Polandia. Hal ini dapat menimbulkan risiko kesehatan jika ikan dikonsumsi mentah atau setengah matang.
Karena praktik budidaya yang buruk, risiko kontaminasi logam berat tinggi pada ikan patin. Studi menemukan jejak kadmium, timbal, nikel, tembaga, dan merkuri di sebagian besar sampel ikan. Kontaminan ini dapat menyebabkan masalah kesehatan yang serius.
Daging ikan patin cepat rusak. Degenerasi oksidatif membran PUFA pada ikan menghasilkan malondialdehid (MDA) pada ikan. Toksin ini dapat menyebabkan resistensi insulin dan tekanan darah tinggi pada manusia.
Selama pemrosesan ikan, polifosfat sering ditambahkan ke filet ikan untuk meningkatkan kemampuan daging dalam mengikat air. Penyimpanan, penanganan, dan pengolahan ikan patin yang tidak tepat juga dapat mempercepat proses oksidasi dan menyebabkan pencemaran amonia.